Microbiome3 Microbiome Diversity - Alpha &Beta Diversity analysis of micro-organism ▶ α-diversity 하나의 sample에 존재하는 종의 다양성을 분석 Mean species diversity를 의미 개체 수에 관계 없이 얼마나 종의 수가 많은가를 보는 지표 하나 또는 하나 이상의 다양성 지수를 사용 (species richness; 단순한 종의 수 / shannon, simpson index; 종의 비율을 고려한 지수 / Effective number of species; 유효 종 수) α-diversity About Observed - Sample 당 분포되어 있는 species 수 Chao1 - Species information을 바탕으로 species richness를 추정한 값 - 발견되지 않거나 보이지.. 2022. 8. 3. Association analysis - RDA Multivariate redundancy analysis (RDA) in - Analysis of associations between data with different units Using z-score standardized data 'vegan' package 'rda' funtion 더보기 # Install package library(vegan) # Redating csv form data data1 2022. 7. 26. Redundancy analysis (RDA) vs. Principal Component Regression (PCA) 다변량 자료를 차원축소기법을 사용하여 서열구조를 파악하기 위한 방법 Redundancy analysis (RDA, 중복분석) 반응변수와 설명변수가 여러개인 회귀분석 가장 설명력이 좋은 변수를 찾아내는 것 RDA는 PCA의 canonical version으로서, 설명변수에 의해 축이 제한됨 이 떄, missing value는 column average에 의하여 대체 연관관계를 직접적으로 표현이 가능함 Principal Component Regression (PCA, 주성분 분석) 구성을 가장 잘 설명하는 변수를 찾아내는 것 대사체와 같이 많은 data base에서 구분짓는 축을 찾는데 이용 PLS-DA / OPLS-DA와 다르게 separation에 대한 정보를 제공하지 않고 분석 진행 여러 환경변수가 혼.. 2022. 6. 30. 이전 1 다음
